Finska Vetenskaps-Societetens angelägenheter handhas av en styrelse bestående av ordförande (preses), viceordförande, ständige sekreteraren, skattmästaren, en representant för varje sektion jämte suppleant och en nionde medlem.
Beslutens verkställighet övervakas av ständige sekreteraren och i ekonomiska ärenden av skattmästaren, båda valda tills vidare. De biträds av Societetens kanslisekreterare. För den ekonomiska förvaltningen finns en förvaltningsnämnd.
Societetens månatliga allmänna möten har en central roll i beslutsfattandet.
Styrelsens sammansättning 29.4.2023 – 29.4.2024
(suppleanterna inom parentes)
Ordförande: Hannu Koskinen
Viceordförande: Jan Sundberg
Ständig sekreterare: Mats Gyllenberg
Skattmästare: Niklas Bruun
Matematisk-fysiska sektionen: Heikki Tenhu (Minna Palmroth)
Biovetenskapliga sektionen: Erik Bonsdorff (Pertti Panula)
Humanistiska sektionen: Pauline von Bonsdorff (Jussi Pakkasvirta)
Samhällsvetenskapliga sektionen: John Sumelius (Mikael Collan)
Nionde medlem: Charlotta Wolff