Suomen Tiedeseuran asioista vastaa Tiedeseuran hallitus. Hallituksen jäseniä ovat seuran puheenjohtaja, varapuheenjohtaja, pysyvä sihteeri, varainhoitaja, osastojen edustajat varajäsenineen sekä yhdeksäs jäsen.
Toistaiseksi valitut pysyvä sihteeri ja varainhoitaja valvovat päätösten toteutumista ja taloutta. Heitä avustaa Tiedeseuran toimistosihteeri. Taloushallintoa varten on hoitokunta.
Kauaskantoiset asiat ratkaistaan hallituksen esittelystä Tiedeseuran jäsenten kuukausikokouksissa.
Hallituksen kokoonpano 29.4.2023 – 29.4.2024
(varajäsenet suluissa)
Puheenjohtaja: Hannu Koskinen
Varapuheenjohtaja: Jan Sundberg
Pysyvä sihteeri: Mats Gyllenberg
Varainhoitaja: Niklas Bruun
Matemaattis-fysikaalinen osasto: Heikki Tenhu (Minna Palmroth)
Biotieteellinen osasto: Erik Bonsdorff (Pertti Panula)
Humanistinen osasto: Pauline von Bonsdorff (Jussi Pakkasvirta)
Yhteiskuntatieteellinen osasto: John Sumelius (Mikael Collan)
Yhdeksäs jäsen: Charlotta Wolff